olex2初級指南

2024年2月19日發(作者：疏散)

Olex2

初級指南

By lich666（email：wangff666@，qq：348511586）

0 前言

0.1 為什么要使用olex2

Olex2同shelxtl類似，均為集成的晶體解析軟件，具有解析、精修、畫圖等多種功能。二者均是年齡10年以上的老軟件了，許多晶體學軟件已經不更新了，但是它們依然有人維護，不斷推出新版本。隨著不斷發展，二者已臻成熟，不乏使用者。經過本人使用，發現兩者有諸多優缺點。

Olex2具有美觀的圖形界面，可以用鼠標操作，使用方便快捷。而shelxtl大多數時候只有一個黑洞洞的屏幕，且需要使用鍵盤輸入命令，略繁瑣。

Olex2具有方便的數據回滾功能，當進行多次嘗試時可以直接回滾，無需手動保存

Olex2擴展性強，可以方便調用多種解析和精修軟件，而且可以直接調用platon。Shelxtl只能使用自帶的xs和xl軟件。

Olex2 雖然自帶多種實用工具，如solvent mask和twinning等，但是這些工具多半有瑕疵，發文章不推薦使用，去除溶劑和孿晶最好用platon代替。Shelxtl所帶的工具較少，僅有Xprep，但可以幫我們解決許多問題。

Olex2具有上述多種優點，下面就開始olex2從頭開始的教程。

本教程只是給自己實驗室留點紀念且想給學習olex2的同學們一個參考，文中僅代表個人觀點，本人學習結構解析僅兩年有余，olex2軟件全靠自己鉆研，難免有疏漏，如有錯誤請直接指出。

0.2 配置olex2

首先需要到網站（這個網站現在需要注冊）上下載olex2的最新版本1.2.5，推薦下載綠色版本，直接解壓縮就可以使用，且32位系統下載32位版本，64位版本下載64位版本（本教程以64位版本為例，如果懶得去官網可去百度網盤下載已按下文配置好的版本，百度網盤里還有platon和shelx2013中的shelxl、shelxs）。然后將壓縮包解壓，放置在一個沒有中文路徑名的文件夾里，如D:colex2-win64中。

不推薦使用其自帶的解析和精修軟件，你需要將Shelxtl軟件包中的和（如果使用Shelxtl2013需要復制和）復制到olex2所在文件夾中，如下圖0-1所示。配置完后就可以使用了。

圖0-1

如果需要使用platon，需要去platon下載和，將中的和復制到olex2文件夾中，再將pwt安裝后的復制到olex2文件夾中即可。如下圖0-2所示。

圖0-2

其他軟件如sir、jana、SuperFlip等均可被olex2支持。如果它們已經安裝在你的計算機上的話，那么直接打開olex2就可以使用它們。如果只有一個文件的話，像一樣直接復制到olex2所在文件夾中就可以使用了。

1 晶體解析實例

下面使用多個實例來講解olex2中各種實用功能。本講解適合于對晶體解析有一定基礎，但是沒有使用過olex2的同學。如果你晶體解析基礎為0，請了解晶體解析的一些基礎之后再來看本教程。

1.1 olex2自帶的Sucro例子

雙擊打開程序，可見如下界面，見圖1-1。選擇菜單欄中File>Open，

此時彈出Open File對話框，繼續選擇我們的第一個例子Sucro，相應文件位于D:colex2-win64sample_datasucro中（假設olex2解壓路徑為D:colex2-win64，下同），見圖1-2選擇，點擊打開按鈕，打開相應文件，如圖1-3所示。右上角顯示了元素組成、晶體學參數、數據完整度等數值。

圖1-1

圖1-2

圖1-3

這個數據雖然已經解析好，我們要從頭解析一遍。點擊Work選項卡，選擇Solve選項卡后面的小三角如下界面，如下圖1-4所示。

，出現

在Solution Program中選擇ShelXS，在Solution Method中選擇Direct

Method。然后直接點擊，進行解析，結果見下圖1-5所示。

圖1-5

背景中顯示RE=0.175（如果顯示不全，可以在程序最下方>>處輸入lines 50然后回車），同時前景圖上顯示多個褐色的圓球，這些圓球均為Q峰，且顏色深淺表示電子云密度的大小。通過滾輪上/下滾動可以增加/減少顯示一個Q峰，滾動滾輪讓屏幕中只顯示適當的Q峰后點擊解出的粗結構。

按鈕，如下圖1-6所示，這就是

圖1-6

點擊Refine按鈕后的小三角面。

，顯示如下圖1-7中界

圖1-7

將Refinement Program選擇ShelXL，然后按下可以使用快捷鍵Ctrl+R）進行精修。結果見下圖1-8所示。

按鈕（也

圖1-8

需要刪除結構中多個大圓球，因為相應位置無原子。直接左鍵點擊多個大圓球，選中后圓球變綠，如下圖1-9所示。然后按下鍵盤上Delete鍵可以直接刪除原子。然后再多次按下到Shift/esd變綠為止精修多次。直。至此所有原子已經找出，接

下來該指認原子類型。（如果有原子未找出，可以選中相應Q峰，再點擊中C按鈕，將相應Q峰指認成碳C）

圖1-9

根據鍵長鍵角數據（將鼠標直接移到鍵上可以查看鍵長值）、Uiso值（將鼠標直接移到原子上可以查看Uiso值）、Q峰可以明顯判斷出哪些原子為氧原子，點擊選中這些原子，見下圖所示。然后點擊中O按鈕可以將相應原子標記成O。標記后這些原子變成紅色（olex2中默認氧原子顯紅色）見下圖1-11所示。然后再多次按下為止。

精修多次。直到Shift/esd變綠

圖1-10

圖1-11

所有原子類型指認完成后進行各向異性精修，點擊按下精修多次。直到Shift/esd變綠為止按鈕，然后再多次。結果見下圖1-12所示。由于本數據分辨率尚可，從圖中可以明顯看出Q峰位置即為氫的位置。

圖1-12

各向異性精修后進行加氫，點擊按鈕，然后再多次按下。結果精修多次。直到Shift/esd變綠為止如下圖1-13所示。加氫的時候建議將按鈕前的勾去掉，這樣加氫后不直接進行精修，可以檢查。如果有原子上沒有加氫，可以手動加氫，選擇菜單中Mode>HFIX>選擇氫類型，然后點擊相應原子加氫，加完后按ESC退出Mode模式。如果有原子上不該加氫，可以直接點擊相應氫刪除（注意：氮原子上經常多加氫）。如果有原子上氫類型指定錯誤可以先刪除氫再使用上述HFIX加氫。

圖1-13

最后精修權重，選擇Weight后的方框使其打鉤。然后再多次按下值變綠為止。精修工作到此結束。

如果需要更改原子編號選擇Work>Naming。如下圖1-14所示。

，精修多次。直到Weight中兩個數

圖1-14

Start表示從幾號開始，必填。Suffix表示下標，選填。Type表示原子類型，必填。然后把Automatic Hydrogen Naming后面打鉤。填完后按Name按鈕開始點擊命名。每命名一個原子，原子編號自動加1。命名完成后點擊ESC退出命名Mode。Refine一次所有原子命名就改了。

所有都更改完畢后點擊最上方按鈕，輸入acta、conf、bond $h等指按鈕可以使用platon令然后refine一次生成cif。生成cif后，點擊左上方驗證cif，也可以在下方>>處輸入aton(U)驗證，兩種方法均需要照0.2中配置platon。驗證結果在下方>>輸入edit chk查看。

2. 各個選項卡和按鈕的作用

在上一部分中通過實例介紹了olex2的基本使用方法。接下來對常用選項卡和按鈕作用一一描述。每個常用按鈕前面標記也可以點擊打開提示。

2.1

右邊

選項卡>Start選項卡中包含四個選項。分別為：

Open Existing Structure or Data File：打開文件，也可用ctrl+O代替。

Sample Structures：一些實例，可以看看。

Documentation：幫助文檔，與命令有關，多數可以用按鈕代替。GUI Width：調整界面大小。

選項卡>Setting選項卡中都是一些關于olex2的設置，除了Background之外其他不建議改變。

選項卡>Tutorials選項卡、Extension Module選項卡、News選項卡不常用，略過。

2.2

2.2.1

選項卡>Solve同解粗結構有關，包括如下選項：

Solution Program：解析程序，可以選擇SIR、XS、等多個選項（前提是已經安裝或配置相應程序）。

Solution Methods：解析方法，可以選擇直接法或者重原子法（對應XS）。

Reflection File：衍射文件，多數時候只有一個，當去除溶劑時可能有多個，注意選擇。

Chemical Composition：化學組成，同ins中給出的組成相同，可以在ins中更改。

Z and Z’：Z值，可在ins中更改。

Space Group：顯示了當前空間群，有時無法解析時可以點擊Suggest SG，給出其他空間群嘗試。

Solution Setting Extra：給出了解析程序的一些參數，按需修改。當使用SIR時可以將其中GUI選項打鉤，當使用SIR時可以看到圖形界面。

2.2.2

選項卡>Refine同精修有關，包括如下選項：

Refine Program：精修程序，一般選ShelXL或者XL。

Method：精修方法，選最小二乘法就行。

Reflection File：衍射文件，多數時候只有一個，當去除溶劑時可能有多個，注意選擇。

Max. refinement cycles and peaks：精修輪數和Q峰，cycles表示精修輪數，Peaks表示Q峰數目，根據需要手動更改。

Weight：權重，精修最后階段后面打鉤精修即可。

Extinction correction：精修時提示EXTI時，勾選后精修即可。

U solvent mask：溶劑扣除，最好使用platon的squeeze，olex2自帶的這個不生成cif。

Refinement Settings Extra：一些精修的參數，如L.S.、PLAN、FMAP等，需要的話自行修改。

2.2.3

選項卡>Report同報告有關，同XCIF作用一樣。直接點擊Report或者Make Report按鈕可以生成報告（Style和Begin with選擇default，End with選擇footer，可選太少），而查看鍵長、鍵角值。Cif方面可以輸入Collection、Crystal直到Reference等信息，完成這些后可以由Olex2自動生成cif，然后合并（Merge cif按鈕，不夠可用add CIF添加）到精修生成的cif中去。最后點擊Checkcif按鈕可以在線驗證CIF文件。

2.2.4

選項卡>Toolbox Work為一些常用的小工具。

Labels：標記工具，可以標記原子名稱、占有率、氫類型多種標記。

：原子類型指定，點擊選中原子或者Q峰后再點擊圖中的CHO可以將選中原子或者Q峰指定為相應類型，如果未給出可按…選擇其他類型。

：分別為加氫、各向異性、各向同性精修。

：全部Q峰標記成C、全部Q峰標記成H、整理結構、刪除所有氫、隱藏所有Q峰（未刪除）、隱藏所有H（未刪除）、分子居中。

：設定Z’值，更新ins中原子數目。

Split：處理無序常用工具，以后會詳細講。

Peak & Uiso slider：同其他功能重復，略去。

Growing：同其他功能重復，略去。

2.2.5

選項卡> History選項卡涉及數據回滾功能。

直接點擊History選項卡中的綠色（也有可能是紅色、黃色、紫色等其他顏

色的方塊，顏色取決于精修的R1值）方塊可以回滾到之前精修的狀態，前提是沒有刪除文件夾中的.olex文件夾。

History Tree：如果解析了多次，可以點擊不同的Solution選擇不同的解析結果。

2.2.6 其他

選項卡>Select、Naming、Sorting提供了多種選擇、命名和排序的方法。直接使用即可，無須贅述。

2.3

2.3.1 Graphical objects

：分別為顯示晶胞、顯示基向量、標記晶胞、標記所有分子。

2.3.2 Quick Drawing Styles

多種畫圖模式，常用的球棍圖、橢球圖、線圖等都有。

2.3.3 Symmetry Generation

Symmetry Tools：常用的有Fu和Grow All按鈕，當不對稱單元中只有半個分子時可以使用Grow All顯示全部分子，再按Fu可以聚合到只剩一個不對稱單元。

Growing：作者只做小分子，只會用Grow All-Short查看氫鍵網絡。

Packing：可以在abc三個方向上選擇不同比例堆積。

2.3.4 Geometry

幾何計算工具，可以計算平均平面、兩點距離、角度、pi-pi堆積作用。

2.3.5 Rotate

旋轉工具，可以選擇旋轉角度、旋轉速度、旋轉方向。

2.3.6 Stereo View

立體視圖，沒3D眼鏡，沒用。

2.4

2.4.1 Images

畫圖，可以畫位圖、Postscript、Povray和動圖，還可以選擇分辨率，如果需要發文章很方便。

2.4.2 chemical tools

一些計算元素比例、分子體積的小工具。

2.4.3 olex2 constraints restraints

Olex2 自帶的限制工具，沒用過。

2.4.4 Shelx compatible constraints & restraints

Shelx的限制工具，操作方法之后會詳細介紹。

2.4.5 Hydrogen Atoms

加氫方式，分別選擇相應氫種類的按鈕，然后點擊相應原子即可，選擇完后按ESC退出選擇模式。

2.4.6 Disorder

無序處理工具，操作方法之后會詳細介紹。

2.4.7 Maps

可以計算晶體中的空洞，計算去除溶劑。發文章的話推薦用platon。

2.4.8 Twinning

孿晶工具，實驗過幾次，根本檢測不出來，還是用platon。

2.4.9 Overlay

疊加工具，可以將同一晶體或不同晶體中多個分子疊加。操作方式之后詳細介紹。

2.5

2.5.1 Electron Density Peaks

列出了Q峰的強度。

2.5.2 Refinement Indicators

顯示精修的一些結果。

2.5.3 Bad Reflections

點擊Omit按鈕直接刪除Error/esd大于5的點，點擊Clear Omits的點清除刪點（1.2.5版本人性化多了，以前根本沒有撤銷）。也可以點擊每個衍射后面的omit刪除這些點。

2.5.4 Reflection Statistics

一些同診斷有關的衍射圖，僅同衍射數據有關，同結構和精修無關，常用來診斷衍射數據是否有問題。

2.6 下方>>

窗口最下方處是輸入命令的位置，常用的命令有edit XXX（可以輸入edit

ins等命令用來編輯ins等文件）、inv –f（翻轉構型）、aton(U)（驗證cif）等。

2.7 菜單

上方菜單的命令在各個選項卡里均有對應，不再贅述。

3 FAQ

Q1：Olex2缺少文件崩潰無法打開怎么辦？

A：直接去官網下載最新綠色版即可，別費勁修復了，Olex2是個大家伙你根本找不出來哪里出問題了，重新弄一個最省事。

Q2：Olex2自動更新完后無法打開怎么辦？

A：還是直接下載個最新的最省事。

Q3：Olex2無法調用Sir2011怎么辦？

A：如果Sir2011正常安裝后還是無法被olex2調用，假設sir2011安裝在c:位置，需要在計算機>屬性>高級系統設置>環境變量>系統變量>Path中最后加入[c:sir2011;]（中括號中內容）。這樣就可以找到sir2011了。

Q4：精修的時候有的原子變成三角形是怎么回事？

A：原子非正定（NDP）了，檢查一下你的數據或者結構是否有問題。

Q5：打開platon再關閉，olex2無響應了怎么回事？

A：olex2調用platon，關閉時不要點右上角的叉子，要點右下角的exit才能正常退出。如果已經點了叉子了，請調出任務管理器關閉platon進程。