（1)使用對象不同。合同常用于經濟方面，協議書則更多用于一般工作特別是科學研究方面。
(2)約束力不同。合同一經（依法）簽訂，便具有法律效力；協議書除作為補充合同所簽訂的意見和實際上等于合同的具有法律效力以外，未形成最后正規文本，雙方未簽字蓋章的協議（初稿）并不具有法律效力。
(3)寬嚴不同。合同正文中每一條內容，必須具體、明確、完善。尤其是“違約責任”，要訂得非常嚴格、準確，以免發生爭議糾紛。協議書的不少條款，則可訂得原則一些，寬泛一些，允許有一定的機動性。
上述區別，寫作時應予注意。應根據事項性質，正確選用合同或者協議書。
協議書的結構協議書的結構與合同相同。
（1)協議書常常是作為正式合同的基礎。合同往往不是談判、協商一次就可簽訂的，雙方常常要經過反復地磋商后，對合同的基本條款才逐步一致、明確。為了肯定初步商談的結果，雙方常先簽訂協議書，便于進一步洽談。這時的協議書，內容尚待完整詳盡，主要作用在于“備忘”，不具有法律效力。
(2)協議書有時作為合同的補充。在履行合同中，雙方如感到合同有修改補充的必要，可經過洽談協商，把一致的意見用協議的形式寫下來，作為合同補充。這時協議書已成為合同的組成部分，與原合同具有同等的效力。
（3）協議書有時等于合同。對一些難以確定隸屬于國家規定的合同種類的事項，雙方當事人經過協商，簽訂了“協議書”，后來也未再簽訂合同，雙方均按“協議書”上的內容履行義務和權利，這時“協議書”實質上就是合同，具有合同的同等效力。