（1)使用對象不同。合同常用于經(jīng)濟方面，協(xié)議書則更多用于一般工作特別是科學(xué)研究方面。
(2)約束力不同。合同一經(jīng)（依法）簽訂，便具有法律效力；協(xié)議書除作為補充合同所簽訂的意見和實際上等于合同的具有法律效力以外，未形成最后正規(guī)文本，雙方未簽字蓋章的協(xié)議（初稿）并不具有法律效力。
(3)寬嚴(yán)不同。合同正文中每一條內(nèi)容，必須具體、明確、完善。尤其是“違約責(zé)任”，要訂得非常嚴(yán)格、準(zhǔn)確，以免發(fā)生爭議糾紛。協(xié)議書的不少條款，則可訂得原則一些，寬泛一些，允許有一定的機動性。
上述區(qū)別，寫作時應(yīng)予注意。應(yīng)根據(jù)事項性質(zhì)，正確選用合同或者協(xié)議書。
協(xié)議書的結(jié)構(gòu)協(xié)議書的結(jié)構(gòu)與合同相同。
（1)協(xié)議書常常是作為正式合同的基礎(chǔ)。合同往往不是談判、協(xié)商一次就可簽訂的，雙方常常要經(jīng)過反復(fù)地磋商后，對合同的基本條款才逐步一致、明確。為了肯定初步商談的結(jié)果，雙方常先簽訂協(xié)議書，便于進一步洽談。這時的協(xié)議書，內(nèi)容尚待完整詳盡，主要作用在于“備忘”，不具有法律效力。
(2)協(xié)議書有時作為合同的補充。在履行合同中，雙方如感到合同有修改補充的必要，可經(jīng)過洽談協(xié)商，把一致的意見用協(xié)議的形式寫下來，作為合同補充。這時協(xié)議書已成為合同的組成部分，與原合同具有同等的效力。
（3）協(xié)議書有時等于合同。對一些難以確定隸屬于國家規(guī)定的合同種類的事項，雙方當(dāng)事人經(jīng)過協(xié)商，簽訂了“協(xié)議書”，后來也未再簽訂合同，雙方均按“協(xié)議書”上的內(nèi)容履行義務(wù)和權(quán)利，這時“協(xié)議書”實質(zhì)上就是合同，具有合同的同等效力。