根據辦公室的職能定位和職責擔當，其機構設置也表現出不同形態。在黨政機關系統，主要實行分理制，如中共中央辦公廳和國務院辦公廳，它們都與其他中央部委平級，下設信訪局、機關事務局、檔案局等；而在政協、人大機關系統，主要實行綜理制，即辦公室在秘書長的領導下，綜合處理日常事務。一般而言，辦公室作為機關單位最常見、最基本的常設機構，根據其職責需要，機構設置與人員構成可大可小，多則十幾二十人，少則二三人，這都是有可能的。但從完善辦公室機構設置出發，主要包括文秘、行政、督查、信訪、機要檔案等職能科室，并由與此相關的專職人員構成。
(一）文秘科室
文秘科室主要負責保障領導的日常工作，撰寫領導講話、典型材料、總結報告、文件等文書，并對其他部門代擬的領導講話、文件等進行審稿把關，組織完成相關的調查研究工作等。為了完成這些基本的文秘工作任務，還需要注意以下幾個重要事項：
一是講話文稿、文件的撰寫必須在深入領會上級文件精神、全面掌握相關資料、正確了解領導意圖的基礎上，由集體或指定專人完成撰稿提綱，經相關領導和辦公室主任審定。完成初稿之后，經辦公室正副主任逐級簽字把關，最后呈送單位領導定稿。
二是組織實施調查研究必須根據本單位的工作計劃和重點工作任務進行，制訂全面的調研計劃和調研重點。在組織完成調研之后，不但要將調研結論及時向領導匯報，而且在調研中發現和弄清楚的其他具有傾向性的重要問題也要以口頭的方式匯報。
三是做好信息和資料的交流。辦公室文秘工作不但包括相關信息上報、政務信息公開和典型材料交流，還要及時向領導提供網上的相關信息，如微博、視頻等。對此，還需要加強與上級和其他單位辦公室政策研究部門的溝通聯系，及時上報本單位、本部門的信息等，同時還要做好工作經驗材料的交流。
(二）行政科室
辦公室行政科室主要負責本機關單位的日常對外聯系、會議、接待、信件收發、環境和財產管理等有關的后勤服務保障工作，有的行政科室還負責辦公室的財務管理工作。行政科室的行政管理工作帶有一定的綜合性，除了完成日常管理工作之外，還要按時完成領導交辦的其他綜合管理工作。
(三）督查科室
督查科室主要負責組織開展督查工作，并組織擬定辦公室督查工作制度和工作計劃，組織協調單位其他部門開展經常性的督查工作等。如督促檢查上級機關單位的有關方針政策和重要會議決議、決定、重要工作部署等的貫徹落實情況，督促檢查本單位的重要工作部署、重要決定、決議及重要文件事項的貫徹落實情況，督促上級機關領導和本單位領導的重要批示和要求辦理的重要工作事項的貫徹落實情況等。同時，辦公室還要對本單位各部門完成發展規劃、年度工作計劃、專項重要工作計劃等進展進程情況進行督促檢查，確保各項工作計劃順利實施完成。
(四）信訪科室
信訪科室主要負責處理信訪事務。信訪工作是黨政機關密切聯系群眾的重要渠道，是掌握群眾思想動態的窗口。認真處理職工群眾的來信來訪，切實解決群眾反映的問題，既是回應職工群眾合理需求、維護其合法權益的重要途徑，也是促進社會和諧的重要舉措。辦公室一般設有專職的信訪工作人員，對群眾來信來訪等進行登記和接待，之后辦公室再根據來信來訪的問題性質與內容，分別轉給或介紹給歸口管理部門辦理。對于上級部門督辦的信訪案件，辦公室還需要協調承辦部門及時處理和上報，未能及時處理上報的必須解釋原因。
(五）機要檔案科室
機要檔案科室主要負責機要、檔案、保密等工作。如負責上級文件和下屬部門請示、報告等的收文、登記、傳閱、保管和查閱，文件交換、立卷、歸檔、清退、銷毀，保密文件保密管理，等等。
此外，辦公室人員的構成上可以劃分為三種類型，即文字型、辦事型和技術型。文字型的辦公室工作人員主要從事文字處理工作，如文件、發言稿的撰寫等，具體而言，有信息資料的收集整理、單位工作簡報的編輯和負責調查研究與宣傳報道等工作。辦事型的辦公室工作人員主要負責日常行政事務工作，如值班工作、信件收發和處理、接待等。技術型的辦公室工作人員主要負責現代辦公設備的管理維護工作，如打印機、復印機、計算機等設備的管理、保養和維修。