mirna測(cè)序文庫長度154bp對(duì)嗎
有點(diǎn)長，不知道你用的是哪個(gè)測(cè)序平臺(tái)，illumina測(cè)序平臺(tái)是miRNA大約22-24bp，加上接頭和index長度約為80bp，所以文庫長度應(yīng)該在110bp左右。不同的測(cè)序平臺(tái)，接頭長度不同，所以如果你不是illumina測(cè)序平臺(tái)，這個(gè)長度也是有可能的。
如何預(yù)測(cè)和鑒定miRNA的靶基因
免疫沉淀當(dāng)然，確定miRNA與mRNA之間的互作，我們還有更直接的方法，那就是從實(shí)驗(yàn)上尋找物理相互作用。我們可以利用RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物（RISC）中的Argonaut（AGO）蛋白的抗體進(jìn)行免疫共沉淀（co-IP）。生物通 www.ebiotrade.com 目前更先進(jìn)的方法是通過紫外線照射以交聯(lián)復(fù)合物，然后開展深度測(cè)序以鑒定發(fā)現(xiàn)的RNA，這種方法被稱為紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測(cè)序（HITS-CLIP），或CLIP-q。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結(jié)合位點(diǎn)的假陽性預(yù)測(cè)率，并且縮小miRNA結(jié)合位點(diǎn)的空間范圍，可在全基因組范圍內(nèi)鑒定AGO蛋白與不同RNA上的結(jié)合。現(xiàn)在有多家公司提供CLIP-q服務(wù)，如銳博生物。 Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協(xié)助鑒定細(xì)胞中的miRNA靶點(diǎn)。這一工具名為MirTrap系統(tǒng)。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標(biāo)結(jié)合，但限制進(jìn)一步的加工。此亞基整合到內(nèi)源的Argonaute/RISC復(fù)合物中，并“鎖定”miRNA-目標(biāo)mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標(biāo)簽有助于整個(gè)Ago/RISC復(fù)合物的捕獲和分離。這樣就能實(shí)現(xiàn)miRNA及其目標(biāo)的免疫沉淀，從而通過新一代測(cè)序或定量PCR來鑒定或定量。生物通 整個(gè)過程大致如下： 1. 創(chuàng)建...
誰知道m(xù)icroRNA芯片、microRNA測(cè)序和基因表達(dá)譜芯片區(qū)別，具體些，謝謝
你好！
這三個(gè)概念都是不一樣的，把miRNA
芯片與基因芯片都是用來篩選差異基因的，檢測(cè)的小RNA都是固定有限的。MIRNA測(cè)序?qū)儆诟咄繙y(cè)序范疇，用來得到研究物種的可以檢測(cè)得到的所有micRNA。
希望對(duì)你有所幫助，望采納。
誰知道m(xù)icroRNA芯片、microRNA測(cè)序和基因表達(dá)譜芯片區(qū)別，具體些，謝謝
microRNA芯片和基因表達(dá)譜芯片都是芯片。
芯片指樣本熒光染色雜交到芯片上，通過各個(gè)點(diǎn)亮度差異來判斷表達(dá)差異的方法。
區(qū)別是一個(gè)針對(duì)microRNA,微小RNA。另一個(gè)針對(duì)mRNA,信使RNA。
microRNA測(cè)序區(qū)別于芯片分析方法。直接測(cè)出小片段的序列然后用生物統(tǒng)計(jì)方法合并區(qū)段等最終計(jì)算出表達(dá)差異。
microRNA芯片與microRNA測(cè)序是用不同平臺(tái)研究同樣的問題。
如何篩選目的基因的miRNA
你指的是尋找miRNA的靶基因位點(diǎn)嗎？
一般都是利用生物信息學(xué)軟件進(jìn)行預(yù)測(cè)，但這種預(yù)測(cè)都是有局限性的，比如miRNA可能會(huì)與靶基因之間產(chǎn)生錯(cuò)配，這樣會(huì)丟失一些靶基因，另外預(yù)測(cè)的都未經(jīng)過實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證，還需要進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證來去偽存真。
當(dāng)然植物可以使用降解組測(cè)序的方法來進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)，原理就是植物中miRNA與mRNA往往是堿基近乎完全匹配來結(jié)合后將mRNA降解，剪切位點(diǎn)通常位于miRNA的第十位或第十一位堿基，被剪切后的片段可以通過建庫后進(jìn)行測(cè)序，可以真實(shí)的得到miRNA在mRNA上的作用位點(diǎn)的序列。
動(dòng)物的就不行了，動(dòng)物中一般是miRNA結(jié)合在mRNA上對(duì)mRNA翻譯進(jìn)行抑制，無法像植物那樣得到其降解后的小片段進(jìn)行測(cè)序驗(yàn)證
miRNA測(cè)序比對(duì)，公司報(bào)價(jià)差異好大
市場價(jià)應(yīng)該是6k左右，有的會(huì)低些。華大應(yīng)該是最低了吧。你最好找你周圍朋友，看做過的人，有沒有推薦的。我這里給你推薦你也不敢信不是。還有最好是在哪里測(cè)的，就在哪里分析。這樣的話連貫性好些，而且里邊的貓膩較少。并且一定要QC，有些公司可能不給QC，你一定要問他們要，RNA的QC，建庫的QC，還有測(cè)序原始數(shù)據(jù)的QC等等
