
1.計算。在靜態計算中,加入以下參數,其中NGX參數與POSCAR中的晶格參數成比例,太小bader計算不會收斂,所以,要收斂之后,結果才可靠。
#bader charge
LAECHG=.TRUE.
NGX=100
NGY=100
NGZ=200
NGXF=150
NGYF=150
NGZF=300
2.算完之后,生成文件AECCAR0 AECCAR1 AECCAR2
將chgsum腳本上傳到計算文件夾
將其變成可執行腳本:chmod 777 chgsum.pl
然后使用命令:./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2
生成CHARGCAR_sum文件
3.將chgsum腳本上傳到計算文件夾
然后將bader變成可執行文件: chmod 777 bader
輸入命令:./bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum
生成文件: ACF.dat AVF.dat BCF.dat
ACF.dat 就包含價電子的電荷信息:
4.判斷計算的可靠性
把ACF.dat文件拖到Origin中,CHARGE這一列的數字就是每個原子對應的電荷,而最下面那一行,NUMBER OF ELECTRONS:126,代表整個體系的總電量有126e。
我們可以通過對比總電量和所有原子加和電量之間的差值來判斷是否收斂:
我們把CHGCAR這一列數據復制到Excel中,選中所有數據,按求和符號,或者在另一個格子中輸入=sum(),Enter,得到總電荷是125.9585
126 - 125.9585 = 0.0415 (e) 0.0415 / 126 = 0.03 %
我們發現:CHGCAR這一列數據這和+VACUUM CHARGE這個數值=NUMBER OF ELECTRONS
而VACUUM CHARGE這個值是真空的電荷,如果這個值不為零,就意味這個有電子轉移到真空中。
標準的情況應該是:
所以,判斷bader計算是否收斂,也可以通過判斷VACUUM CHARGE這個值是否為0來判斷。
5.應用:怎么用bader分析研究體系的電荷轉移總量。
首先,我們可以從ACF.dat文件的最后一行NUMBER OF ELECTRONS知道這個體系的總電量。
我們計算一個體系在電荷轉移前后的bader電荷,然后在ACF文件中讀取其電量。如果兩個文件中的原子數相等,就可以直接作差,得到電荷轉移的量,如果原子數不同,就拿對應原子的電量作差。